Пока Наполеон находился в Египте и Сирии, император Павел I в конце декабря 1798 г. создал вторую коалицию — союз России, Османской империи и Британии, к которому присоединились Австрия, Португалия, Неаполитанское королевство и Ватикан. В Северную Италию был послан корпус А.В. Суворова, в Швейцарию — корпус А. М. Римского-Корсакова; в Средиземное море вышла эскадра Ф. Ф. Ушакова, который занял несколько Ионических островов, а в марте 1799 г. быстрым штурмом взял крепость на о. Корфу.
Главнокомандующим русско-австрийской армии в Италии был назначен А. В. Суворов. 15–17 апреля 1799 г. 12 тыс. русских и 36,5 тыс. австрийских войск разбили армию генерала Б. Л. Ж. Шерера на реке Адда. Суворов с триумфом вошел в Милан и Турин. В июне армии генералов Ж. Макдональда и Ж. В. Моро собрались с двух сторон напасть на армию Суворова. Однако русский полководец в три дня — 6–8 июня — «стратегией сокрушения» и таранными ударами тяжелой линейной пехоты разбил 34-тысячную армию Макдональда на реке Треббия, нанеся ему урон в 11,5 тыс. человек. 4 августа у города Нови генерал Б. К. Жубер с войском в 38 тыс. человек атаковал Суворова, но, потеряв 16 тыс. человек, был разгромлен. Потери союзников составили 8 тыс. человек, из них 2 тыс. русских.
В середине августа Суворов получил распоряжение Павла I и австрийского императора Франца I идти в Швейцарию, вытеснить оттуда 84,5 тыс. войск А. Массены и продолжить наступление во Францию, хотя это целесообразнее было начинать из Генуэзской Ривьеры. 20 тысяч суворовских войск пошли через Альпы и 13_14 сентября сбили французов с перевала Сен-Готард и Чёртова моста. Однако А. Массена почти в те же дни окружил и разбил 45-тысячное войско посредственного генерала А. М. Римского-Корсакова в районе Цюриха. Победа А. Массены повернула ход войны, Швейцария снова попала под власть французов. Суворов оказался блокированным в Муотенской долине. Несмотря на нехватку боеприпасов и крайнее утомление, войска Суворова в неслыханно трудных условиях через заснеженный перевал Паникс прорвались в долину Переднего Рейна и затем в Баварию. Отношения между Россией и Австрией были прерваны.
В Голландии 16 сентября и 2 октября 1799 г. объединенная 35-тысячная русско-британская армия достигла ограниченного успеха против 22-тысячной франко-батавской армии генерала Брюна. В январе 1800 г. Россия устранилась от активных боевых действий в составе войск союзников.