Среди природных ресурсов, играющих важную экономическую и социальную роль, особое место занимают водные биологические ресурсы, основными из которых являются рыбные.
Состояние запасов водных биологических ресурсов, эффективное управление ими приобретают все большее значение как для обеспечения населения высококачественными пищевыми продуктами, так и для снабжения сырьем многих отраслей промышленности и сельского хозяйства (в частности, птицеводства и звероводства).
Фауна рыб в России разнообразна и еще относительно слабо изучена. Она насчитывает 269 пресноводных, полупроходных и проходных видов; не менее 400 видов встречается в прибрежных морских водах, что в целом составляет около 2 % мирового разнообразия класса. Среди пресноводной фауны велика доля эндемиков, по численности которых лидирует бассейн озера Байкал. Наибольшее видовое разнообразие характерно для бассейнов реки Амур и озера Байкал.
Круглоротые представлены в России восемью видами (40 % мирового разнообразия этой группы), из них три вида находятся под угрозой исчезновения на региональном уровне, в том числе украинская минога, которая внесена в Красную книгу Международного союза охраны природы и природных ресурсов (МСОП). Состояние миног всех видов, обитающих в Европейской части России, вызывает серьезные опасения, и они нуждаются в законодательной охране. Промысловое значение имеют каспийская и речная миноги.
Современное состояние ряда видов, подвидов или отдельных географических стад вызывает серьезное опасение на государственном уровне в связи как с нарушением состояния водной среды (различные типы загрязнений, зарегулирование стока рек), так и с высоким уровнем промысла, включая браконьерство. Это относится практически ко всем видам осетровых (в России сосредоточены основные мировые запасы рыб этого семейства) и значительной части ресурсов лососевых и карповых рыб.
Биоресурсы внутренних морских вод России и пресноводных водоемов вместе с беломорскими водорослями в состоянии обеспечить устойчивый вылов на уровне 425 тыс. т в год (половину вылова — по Каспийскому, Азовскому, Черному, Белому морям и около 200 тыс. т — по рекам, озерам, водохранилищам). За последние годы вылов рыбы и других промысловых гидробионтов составляет здесь около 330 тыс. т.
Общий допустимый улов рыбы в озерно-речных системах России, а также в водохранилищах, в 1999 г. оценивался в 189 тыс. т, в то время как вылов, по официальным данным, составил примерно 114 тыс. т. Наиболее ценными объектами промысла в пресноводных водоемах России являются осетровые, лососевые, сиговые, а также судак и лещ, доля вылова которых колеблется от 56 до 77 %. При этом сохраняются достаточно противоречивые тенденции. На большинстве водоемов запасы мелкочастиковых рыб не используются в полной мере, в то время как добыча наиболее ценных видов в несколько раз превышает объем допустимого улова. При этом на формирование рыбных запасов негативно влияют загрязнение водоемов, браконьерство, недостаточные объемы воспроизводства рыбных богатств в естественных водных объектах и т. п.
Наряду с относительной стабильностью сырьевых запасов в стране прослеживается тенденция к перераспределению роли различных регионов в формировании суммарной величины запасов. Для Европейской части России характерно некоторое сокращение рыбных запасов, в Сибири и на Дальнем Востоке они постепенно накапливаются, главным образом благодаря мелкочастиковым рыбам. Это связано с возрастающей неконтролируемой промысловой нагрузкой на запасы рыб в наиболее населенной части страны и сворачиванием промысла на многих труднодоступных водоемах, расположенных на севере и востоке России.
Негативные количественные и качественные изменения в ихтиофауне внутренних водоемов во многом обусловлены экономической ситуацией в стране и ослаблением государственного контроля над эксплуатацией рыбных ресурсов. В условиях децентрализации промысла усилился пресс любительского, потребительского и браконьерского лова на наиболее ценные виды рыб, запасы которых уменьшаются.
Неудовлетворительным остается экологическое состояние большинства промысловых водоемов.