Русская Православная Церковь на всем протяжении своей истории была мощным фактором объединения страны под главенством Москвы и укрепления государственности в России. В XIV в. глава Церкви митрополит Пётр переехал из стольного города Владимира в Москву.
Учреждение патриаршества в 1589 г. сделало Церковь независимой от константинопольских иерархов и еще более укрепило ее авторитет.
В политике государства по отношению к Церкви в XVI–XVII вв. ясно проступают два направления: во-первых, ограничение роста землевладения путем запретов покупки земель, приема вкладов на помин души, обмена (что было также скрытой формой покупки) и, во-вторых, сокращение феодальных привилегий Церкви как землевладельца. Несмотря на это в первой четверти XVII в. пашня духовенства в Европейской России занимала 2 млн десятин (16,6% всей пашни). В конце XVII в. во владениях Церкви было 150 тыс. крестьянских дворов и почти 1,5 млн крепостных крестьян, что составляло 21% всех крепостных крестьян и 6% всего населения страны. У 600 монастырей было 77% крестьянских дворов, у Патриарха и архиереев — 19%. В стране было около 12 тыс. приходских церквей, часть из них (главным образом, соборные) тоже имела крестьян и зависимых людей — у них было 4% всех крепостных духовенства.
Наиболее крупным землевладельцем был подмосковный Троице-Сергиев монастырь — 20,3 тыс. дворов. Патриарх владел 9,5 тыс. дворов, монастыри: вологодский Кирилло-Белозерский имел 5,3 тыс. дворов, ярославский Спасский — 4 тыс. дворов, костромской Ипатьев — 3,6 тыс. дворов, московский Чудов — 3 тыс. дворов, суздальский Спасо-Евфимиев — 2,9 тыс. дворов, московские Новоспасский — 2,8 тыс. дворов, Симонов — 2,5 тыс. дворов.
У стен ряда монастырей возникли торгово-ремесленные посады, регулярно проводились ярмарки, три из них — Свенская, Макарьевская, Коренная — приобрели всероссийское значение.
Крупные средневековые монастыри были центрами культуры: они имели большие библиотеки, их монахи составляли летописи.
В истории XVII в. особое значение имела деятельность патриархов Гермогена, Филарета и Никона.
Патриарх Гермоген в 1611 г. рассылал грамоты по городам с призывом сопротивляться польским захватчикам. Заняв Москву, поляки бросили его в темницу, где он и умер.
Патриарх Филарет был отцом царя Михаила Федоровича и фактически правил государством с 1619 г. (когда он вернулся из польского плена) до своей смерти в 1633 г.
Патриарх Никон в 1654–1667 гг. провел реформу церковных обрядов, которая вызвала раскол среди верующих. Многие противники реформы (раскольники, старообрядцы) ушли в малоосвоенные места и создали свою церковь, существующую и сейчас.