Качество воды определяется ее физическими, химическими и биологическими характеристиками, от которых зависит пригодность воды для того или иного вида ее использования. Химическое загрязнение природных вод, в первую очередь, зависит от количества и состава сточных вод промышленных предприятий и коммунального хозяйства, сбрасываемых в водные объекты. Значительная часть загрязняющих веществ поступает в водные объекты также в результате их смыва талыми и дождевыми водами с территорий населенных пунктов, промплощадок, сельскохозяйственных полей, животноводческих ферм. Низкое качество воды может быть вызвано и естественными факторами (геологические условия, питание рек болотными водами с большим содержанием органики и т.п.).
Из всех видов поступления загрязняющих веществ в водные объекты, количественной оценке поддаются лишь регистрируемые сбросы сточных вод. На карте фоном показан годовой сброс растворенных загрязняющих веществ в составе сточных вод (в условных тоннах), приходящийся на 1 кв. км территории соответствующего водохозяйственного участка, каковым чаще всего являются водосбор средней по размеру реки или отдельные части бассейна крупной реки, иногда – водосбор озера. Условные тонны определяются с учетом вредности (опасности) отдельных загрязняющих веществ путем введения весового коэффициента для каждого вещества, который численно равен обратной величине предельно допустимой концентрации этого вещества. Наиболее распространенные загрязняющие вещества с большими весовыми коэффициентами (100–1000) – медь, фенолы, нитриты и др. Хлориды и сульфаты, образующие наряду с органикой основную массу веществ, содержащихся в сточных водах, отличаются наиболее низкими весовыми коэффициентами (0,3–0,5).
Наибольшим поступлением массы растворенных веществ в составе сточных вод характеризуются водохозяйственные участки, в пределах которых расположено несколько городов со значительным объемом сточных вод. Аналогичный результат получается при сравнительно небольшом объеме сточных вод, но с загрязняющими веществами, отличающимися большими весовыми коэффициентами. Малой интенсивностью поступления в водные объекты загрязняющих веществ в составе сточных вод отличается, в основном, север Сибири и Дальнего Востока, за исключением участка, в пределах которого расположен г. Норильск.
Основным критерием качеством воды в реках и водоемах является осредненная кратность превышения предельно допустимой концентрации основных загрязняющих веществ их фактическим содержанием в воде, определяемым на Государственной сети наблюдения управлениями по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды Росгидромета.
На водных объектах, не имеющих пунктов стационарного наблюдения за качеством воды, оно определено по аналогии с водными объектами, на которых ведутся такие наблюдения, или на основании экспертной оценки влияния на качество воды комплекса факторов, прежде всего, наличия источников загрязнения природных вод, а также разбавляющей способности водных объектов.
"Чрезвычайно грязные" воды отмечаются в основном в малых реках с низкой разбавляющей способностью. При сбросе в них даже сравнительно небольшого объема сточных вод среднегодовая концентрация отдельных загрязняющих веществ может превышать предельно допустимую концентрацию в 30–50, а иногда более, чем в 100 раз. Данный класс присущ некоторым рекам среднего размера (например, Чусовая), в которую сбрасываются сточные воды с большим содержанием наиболее опасных загрязняющих веществ.
К классу "грязных" относятся водные объекты со среднегодовыми концентрациями отдельных загрязняющих веществ до 10–25 предельно допустимой концентрации. Такая ситуация может наблюдаться как на малых, так и на крупных реках или отдельных их участках. Загрязнение некоторых крупных рек (например, Иртыш) связано с судоходством.
"Значительно загрязненные" водные объекты характеризуются среднегодовыми концентрациями загрязняющих веществ до 7–10 предельно допустимой концентрации. Они типичны для многих водных объектов, расположенных в наиболее экономически развитых районах Европейской части России и Урала. Загрязнение рек Западной Сибири связано, в основном, с добычей нефти и газа, реки Колыма – с золотодобывающей промышленностью, рек Подкаменная Тунгуска и Нижняя Тунгуска — со смывом загрязняющих веществ с территорий береговых хозяйственных объектов. Источником загрязнения рек, протекающих в залесенной местности, может служить сплав леса, особенно молевой.
В "слабо загрязненных" водных объектах среднегодовые концентрации отдельных загрязняющих веществ в 2–6 раз превышают предельно допустимую концентрацию, а в "условно чистых" – это может наблюдаться лишь в короткие периоды времени.
Водные объекты “слабо загрязненных” и “условно чистых” рек преобладают на севере Европейской части России, Восточной Сибири и Дальнего Востока.
Несмотря на то, что объемы сброса загрязненных сточных вод в целом по России в 2000-е гг., по сравнению с началом 1990-х гг., уменьшились на 20–25%, улучшения качества воды не наблюдается, а нередко отмечается даже его ухудшение. Это объясняется рядом причин, в том числе значительным накоплением загрязняющих веществ в донных отложениях рек и водоемов, а также, в почвах и грунтах их бассейнов, снижением эффективности работы очистных сооружений, участившимися случаями аварийного загрязнения природных вод. Отчасти ухудшение показателей качества воды связано с ужесточением предельно допустимой концентрации для некоторых веществ (например, железа).
Среди загрязняющих веществ, содержащихся в поверхностных водах, наиболее часто (в 50-80% проб) значения предельно допустимой концентрации превышает содержание меди (Сu) и железа (Fe), а также значение биологического потребления кислорода, характеризующее содержание легкорастворимых органических веществ. 10-кратное превышение предельно допустимой концентрации более, чем в 10% проб отмечено для тех же веществ. Для отдельных регионов России характерно наличие в водных объектах специфических загрязняющих веществ: лигнина, лигносульфанатов, сульфидов, сероводорода, хлорорганических пестицидов, метанола, соединений ртути. Некоторые загрязняющие вещества переходят из водной среды в донные отложения и могут служить источником вторичного загрязнения вод.