Морским транспортом осуществляются перевозки пассажиров и грузов во внутреннем (каботажном) и заграничном плавании. Внешние (заграничные) перевозки грузов преобладают. Среди внутренних (каботажных) перевозок большое значение имеет малый каботаж, т.е. плавание вдоль своих берегов в пределах одного или двух смежных морских бассейнов. Особую роль в работе морского транспорта России играет “северный завоз” дизельного топлива, угля, продуктов питания в короткую летнюю навигацию из портов освоенной зоны в 17 портов Крайнего Севера.
После распада СССР часть грузопотоков была переориентирована на крупные российские порты (Туапсе, Новороссийск, Санкт-Петербург, Мурманск, Архангельск). Основные грузы: нефть и нефтепродукты, минеральные удобрения, металлы, каменный уголь, лесные грузы, руда.
В структуре пассажирооборота морского транспорта более половины приходится на пригородное сообщение.
Речной транспорт относится к числу сезонных видов транспорта: перевозки грузов и пассажиров осуществляются в период навигации. Основные грузопотоки идут по рекам Волга, Кама, Енисей и Лена. Основные виды грузов: строительные, нефть и нефтепродукты, лесные грузы. Крупнейшие отправители грузов: Самарская, Московская, Ярославская, Ленинградская, Вологодская области, Республика Татарстан, Республика Башкортостан, Красноярский край, Пермский край.
Основные пассажиропотоки идут по рекам Волга, Северная Двина, Енисей, Амур, Лена, а также по Волго-Балтийскому пути. Возобновилось движение пассажирских судов по рекам Ока, Вятка, Надым. Среди туристов особенно популярны маршруты: Санкт-Петербург–Москва и Москва–Астрахань.